애매한 주의사항 때문에 오히려 혼동하게 됩니다.
제작안내서에는 미주, 각주 나누어서 사용하는 걸로 되어 있는데

1. 본문의 주석번호 표시 예시: [주1], [주2]..(제작안내서 참고)

라는 주의사항이 적혀있어서 모든 주석을 "주"로 명칭을 통일하여 입력했더니 "각주"라고 적지 않았다고 피드백을 받았습니다. 
"미주는 [주1], [주2], 각주는 [각주1]로 작성" 이런 식으로 주의사항을 명확하게 적어둔다면 정확한 입력에 도움이 될 것 같습니다.